A partir da versão 3.5 do WordPress foi desabilitado, no admin, o link do menu para o gerenciador de links, mas ele ainda esta no código do Worpdress, então é possível trazer ele de volta.
Basta adicionar a linha abaixo no functions.php do seu tema e pronto.
add_filter( 'pre_option_link_manager_enabled', '__return_true' );
Ou você pode instalar o plugin Link Manager que facilita a inclusão deste código em seu site.
Mas por que ele foi desabilitado?
Com a forma que os menus personalizados trabalham hoje em dia é possível utilizá-los da mesma forma e em detrimento do gerenciador de links, seja como blogroll ou outra forma que é usado.
O WPBeginner fez uma matéria com mais detalhes e comparação, caso tenha interesse de saber mais.
[ How to activate link manager on WordPress 3.5 (and newer) ]